تمر العلاقات المصرية الإماراتية بأزمة بعد ثورة 25 يناير التي أطاحت بحكم الرئيس المصري السابق مبارك، حيث استدعت الخارجية المصرية القائم بأعمال سفارة دولة الإمارات بالقاهرة، لاستعجال نتائج التحقيقات التي تجري مع عدد من الموقوفين المصريين على ذمة قضية أمنية، وقد صرح السفير المصري في الإمارات عن زياراته للموقوفين المصريين بمحبسهم مؤكداً أنهم «يتمتعون بمعاملة جيدة سواء على المستوى الصحي والنفسي والمعاملة بصفة عامة»، قائلاً «لم يشتكِ لي المتهمون الـ 14 عندما قابلتهم من أي سوء في المعاملة». ورغم التهدئة الدبلوماسية اللاحقة شهدت العلاقات الإماراتية المصرية توتراً بعد الإطاحة بمبارك ووصول «الإخوان المسلمين» إلى سدة الحكم في مصر، حيث شهدت الساحة الإعلامية حرباً إعلامية بين بعض الشخصيات الإخوانية والقائد العام لشرطة دبي، وفي السادس من سبتمبر 2012 استقبل الرئيس المصري محمد مرسي وزير الخارجية سمو الشيخ عبدالله بن زايد آل نهيان الذي قدم التهنئة للرئيس المصري موجهاً له دعوة رسمية لزيارة دولة الإمارات. وقد أعلنت الإمارات عن اعتقال نحو 11 مصرياً بإمارتي دبي وعجمان يشتبه في «انتمائهم لخلية على صلة بجماعة الإخوان المسلمين في مصر»، وقد نفت جماعة «الإخوان» أن بعض أعضائها الذين اعتقلوا في الإمارات وساعدوا في تدريب إسلاميين محليين على أساليب تخريبية على حد قولهم. ورفض محمود غزلان المتحدث باسم جماعة «الإخوان المسلمين» اتهام المعتقلين بأنهم يسعون لزعزعة استقرار الإمارات. المشكلة التي تواجهها مصر اليوم هي أخونة الدولة والسياسة الخارجية المصرية، ففي مطلع يناير الماضي زار وفد مصري برئاسة عصام الحداد مساعد الرئيس محمد مرسي للشؤون الخارجية، وهو قيادي من «الإخوان المسلمين»، يرافقه وفد يضم رئيس الاستخبارات العامة المصرية، دولة الإمارات للمطالبة بالإفراج عن الموقوفين على ذمة قضية تنظيم «الإخوان» المصري. ونقل عن مصدر إماراتي قوله إن عدد الموقوفين المصريين في الإمارات على ذمة قضايا جنائية ومدنية لا يتجاوز 350 شخصاً، وهو عدد طبيعي بالنسبة إلى جالية تعدادها حوالى 400 ألف، غير أن «السلطات المصرية مهتمة فقط بموقوفي التنظيم الإخواني ما يؤكد الدوافع الحزبية وراء ذلك». وكانت مصادر إعلامية مصرية قد صرحت بأن ملف الموقوفين المصريين في الإمارات يدار من قبل تنظيم «الإخوان المسلمين» لا وزارة الخارجية. وهي ليست بالحالة الوحيدة فقد أظهرت التطورات السياسية في مصر انعكاس الرؤية الإخوانية على الملفات الخارجية. وفي مقابلة مع «رويترز» تحدث القائد العام لشرطة دبي ووجه اتهامات لجماعة «الإخوان المسلمين» في مصر قائلاً إن الهدف النهائي لهذه الجماعة هو إقامة حكم إسلامي في كل دول الخليج، و«جماعة الإخوان الآن تحكم في مصر وليس لديها حق التدخل في شؤون دول أخرى. إنهم ليسوا فقط تنظيماً سياسياً، يجب عليهم احترام استقلالية الدول الأخرى». ستظل العلاقات تراوح بين التوتر والبرود، لطالما كانت لدولة الإمارات علاقات تاريخية مع جمهورية مصر العربية، فالمشكلة التي تؤثر على العلاقات الثنائية اليوم هي تنظيم «الإخوان» لا مصر الدولة، ولكن فصل مصر الدولة عن مصر «الإخوان» سيبقى محل تساؤل كبير.